• 科研費 挑戦的研究(萌芽) 「『逆』多目的最適化による創造目的の解明」 (代表：内田誠一； 長崎大と共同) (2024.6-2026.3)
  
• 科研費 基盤(A) 「文字を介した視覚的コミュニケーション基盤の創成」（代表：内田誠一； 東北大，NII, 国文研，東大，OSX, 電通大，阪公大と共同，Monotype社様とi-design社様協力）(2022.4-2025.3)
• 科研費 基盤(S) 「機械可読時代における文字科学の創成と応用展開」（代表：内田誠一； 電通大，東大/OSXと共同）(2017.5-2022.3，研究進捗評価（検証）結果A+)
• 科研費 基盤(A) 「文字科学 ― 文字の機能の多面的解明」（代表：内田誠一； 電通大，東大/OSXと共同）(2017.4 - 2017.5, 基盤(S)採択に伴い中止)
• 科研費 基盤(A) 「文字工学リノベーション」（代表：内田誠一； 千葉大，電通大，NTT-CS研他と共同）(2014.4-2017.3)
• 科研費 挑戦的萌芽研究 「工学的想像―大量事例を用いた動画像推定」（代表：内田誠一） (2013.4-2014.3)
• 科研費 基盤(B)「部分は全体を語る―断片化による手書き文字認識ブレイクスルー」（代表：内田誠一） (2011.4-2014.3)
• 科研費 挑戦的萌芽研究「事例稠密化による極限精度パターン認識」（代表：内田誠一） (2011.4-2012.3)
• 科研費 基盤(B)「情報埋め込みによる「紙とペン」の機能拡張-手書きコンテンツのサイバーメディア化-」（代表：内田誠一；東北大，阪公大と共同） (2008.4-2011.3)
• 科研費 萌芽研究「新しいパターンマッチング原理-解析的DPマッチング-の理論展開と評価」（代表：内田誠一）(2007.4-2009.3)
• 科研費 若手(B)「テキストを手がかりとした環境映像の検索-ディジタル・フラッシュバック-」（代表：内田誠一）(2005.4-2007.3)
• 科研費 若手(B)「手書き文字の固有変形の抽出とその文字認識における利用に関する研究」（代表：内田誠一） (2002.4-2005.3)
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• CREST 共生社会に向けた人間調和型情報技術の構築 「文字・文書メディアの新しい利用基盤技術の開発とそれに基づく人間調和型情報環境の構築」 （2010-2016.3）
• オープンソースプロジェクト 「震災 FaxOCR」(Shinsai FaxOCR) (2012-2013)
• 文部科学省　科学技術振興調整費「科学技術連携施策群の効果的・効率的な推進」テーマ「ロボットタウンの実証的研究」 （分担） (2005-2007)
  
• 総務省 SCOPE「実体に基づいたプロアクティブ・ヒューマンインタフェースに関する研究開発」（分担）(2003-2006)
  
• 数理科学情報処理システム研究プロジェクト (Infty Project )
  

• 科研費 挑戦的研究(開拓) 「医療における多目的決定構造の数理的解明」 (代表：内田誠一； 九大病院，長崎大と共同) (2021.4-2023.3)
  
• 科研費 新学術領域研究合成生物学 （公募研究）「画像情報学による合成生物のダイナミクス解析」（代表：内田誠一） (2014.4-2016.3)
  
• 科研費 新学術領域研究細胞内ロジスティクス （公募研究）「細胞内物流のための画像情報学の展開―大規模自動定量化と知識獲得」（代表：内田誠一） (2009.4-2013.4)
  
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• 科研費 学術変革領域研究（学術研究支援基盤形成）「先端バイオイメージング支援プラットフォーム」 （画像解析技術支援担当研究者） (第一期：2016.4-2022.3, 第二期：2022.4-2025.3)
• JST未来創造事業 未来社会創造事業（探索加速型：世界一の安全・安心社会の実現）「味覚・嗅覚・食感イノベーションによる食サービスの創出」 （分担）(2018.11-2021.3)
  
• SIP2期 国家レジリエンス（防災・減災）の強化「課題VII 市町村災害対応統合システム開発」 （協力）(2018.11-2023.3)
  
• AMED 画像データ利活用プラットフォーム構築を目的とした診療画像クラウド基盤構築及び人工知能（AI）開発に関する研究（平成29年度2次公募テーマ2） 「医療ビッグデータ利活用を促進するクラウド基盤・AI画像解析に関する研究」 （分担）(2017-2018)
  
• 科研費基盤(A) 「匂いの質と空間の可視化センシング」 （分担）(2015.4-2018.3)
  
• 科研費基盤(A) 「線虫C. elegansの嗅覚機構を模倣した乳癌検知システムの研究開発」 （分担）(2015.4-2018.3)
  
• 総務省 SCOPE「匂いイメージセンサによる情報創出に関する研究開発」（分担） （2011-2013)