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Spatial transcriptomics

空間トランスクリプトミクス

病理画像から組織内の遺伝子発現を推定し、細胞型や発現差の関係を捉えます。

Selected Papers

代表論文

Selected NeurIPS 2026 · 遺伝子ランキング

Preserving DEG Rankings for Gene Discovery in Histology-Based Spatial Gene Expression Prediction

遺伝子発見で重要な発現差の順位に焦点を当てた研究。遺伝子発見につながる予測を目指します。

細胞型プロトタイプと病理画像から遺伝子発現を推定する概念図
Fig. 2 · 細胞型プロトタイプを用いた遺伝子発現推定 · 出典：論文PDF ↗
Selected CVPR 2026 · 画像 → 遺伝子発現

Cell-Type Prototype-Informed Neural Network for Gene Expression Estimation from Pathology Images

細胞型ごとの遺伝子発現プロトタイプを使い、病理画像から発現量を推定します。細胞構成という解釈可能な中間表現を取り入れます。

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Fig. 1 · 補助遺伝子学習の動機と概念
Fig. 1 · 補助遺伝子学習の動機と概念 · 出典：論文PDF ↗
Selected AAAI 2026 · 遺伝子選択

Auxiliary Gene Learning: Spatial Gene Expression Estimation by Auxiliary Gene Selection

推定対象以外の遺伝子も補助タスクとして活用し、役に立つ遺伝子を選ぶことで空間発現推定を改善します。

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Fig. 1 · バッチ差とノイズ下での相対発現
Fig. 1 · バッチ差とノイズ下での相対発現 · 出典：論文PDF ↗
Selected NeurIPS 2025 · 発現量の相対関係

Learning Relative Gene Expression Trends from Pathology Images in Spatial Transcriptomics

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計測時のバッチ差とノイズがあっても、遺伝子発現の相対的な関係を学びます。

Publications

関連論文

  1. Preserving DEG Rankings for Gene Discovery in Histology-Based Spatial Gene Expression Prediction
    Kaito Shiku, Kazuya Nishimura, Yasuhiro Kojima, and Ryoma Bise · The Fortieth Annual Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS), 2026.
  2. Leveraging Cell-level Spatial Transcriptomics as Weak Supervision for Nuclei Classification
    Kazuya Nishimura, Ryoma Bise, Haruka Hirose, and Yasuhiro Kojima · International Workshop on Medical Imaging Analysis for Spatial Omics (MISO), MICCAI 2026 Workshop.
  3. Cell-Type Prototype-Informed Neural Network for Gene Expression Estimation from Pathology Images
    Kazuya Nishimura, Ryoma Bise, Shinnosuke Matsuo, Haruka Hirose, and Yasuhiro Kojima · The IEEE/CVF Conference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR), 2026.
  4. Auxiliary Gene Learning: Spatial Gene Expression Estimation by Auxiliary Gene Selection
    Kaito Shiku, Kazuya Nishimura, Shinnosuke Matsuo, Yasuhiro Kojima, and Ryoma Bise · The 40th Annual AAAI Conference on Artificial Intelligence (AAAI), 2026.
  5. Learning to Relative Expression under Batch Effects and Stochastic Noise in Spatial Transcriptomics
    Kazuya Nishimura, Haruka Hirose, Ryoma Bise, Kaito Shiku, Yasuhiro Kojima · The Thirty-Ninth Annual Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS), 2025.
  6. Towards Spatial Transcriptomics-Guided Pathological Image Recognition With Batch-Agnostic Encoder
    Kazuya Nishimura, Ryoma Bise, and Yasuhiro Kojima · IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), 2025.

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